No Modo História, o jogador viaja pelo mundo para coletar Fragmentos Centrais enquanto evita drones de segurança. Bakugan são usados para desarmar armadilhas a laser e outros dispositivos de segurança.
Battle Mode
O Battle Mode usa um mecanismo de luta semelhante aos jogos Dragon Ball Z e cartas de habilidade que são usadas para fazer ataques poderosos. Bakugan pode ser capturado, dos quais vinte podem ser usados no Battle Mode.