Dr. Neo Cortex não foi um cientista feliz quando Crash Bandicoot frustrou seus planos de dominar o mundo. Mas então ele descobriu que um alinhamento planetário estava prestes a significar a desgraça global - e apenas um aglomerado de cristais especiais poderia evitar essa energia estelar de entrada. Determinado a se redimir por seus atos malignos, Cortex rapidamente desenvolveu um Cortex Vortex movido a cristal.
Mais 25 cristais são necessários para evitar a catástrofe e Crash é o único herói com alguma chance de coletar todos eles. Crash salvou o planeta do Cortex antes, mas será que ele pode salvá-lo novamente - com o Cortex?