Atlantis: The Lost Empire é um jogo de ação 3D com elementos de resolução de quebra-cabeças, baseado no filme da Disney de mesmo nome. O Jogador pode assumir o controle De um de seis personagens diferentes
(Milo Thatch, Gaetan Molière, Vincenzo Santorini, Audrey Ramirez, Wilhelmina Packard e Kidagakash). Tentando chegar à cidade perdida de Atlantis e salvá-la da destruição.
Cada personagem possui suas próprias habilidades únicas e o jogador pode alternar entre elas usando o rádio encontrado ao redor dos níveis. A Jogabilidade é uma reminiscência dos Jogos Tomb Raider , envolvendo combate e quebra-cabeças predominantemente físicos e ambientais. Há também uma seção onde o Jogador controla um submarino e tem que enfrentar o leviatã que guarda a entrada de Atlantis.