O Jogo começa em Shibuya-cho, onde aparece o DJ da rádio pirata de Tóquio, o professor K. Ele explica os fundamentos da vida em Tóquio para "Rudy" - jovens que perambulam pelas ruas, pintam grafite e patinam como meio de expressão. No enredo, o Professor K narrará partes do jogo via Jet Set Radio.
No entanto, os jovens são perseguidos por um policial, Capitão Onesima. Junto com Onishima, a equipe SWAT e Goji Rokkaku estão criando problemas. O Jogador começa o jogo como Beat, de 17 anos, que fugiu de casa, como muitos outros rudes japoneses. Para derrotar as gangues rivais, Beat decidiu criar seu próprio grupo também. Primeiro, Gum e Tab se juntam a ele, e depois outros skatistas.
