Magrunner: Dark Pulse é um jogo de quebra-cabeça de ação em primeira pessoa. Usando a luva Magtech, o jogador pode alimentar qualquer outro objeto Magtech com cargas de cores diferentes: verde / azul ou vermelho. Objetos carregados com a mesma cor se atraem, enquanto objetos carregados com cores diferentes se repelem. O desenvolvedor mudou intencionalmente a abordagem da física real da bipolaridade convencional dos ímãs quando as cores semelhantes se repelem para expandir a mecânica do jogo. Interagir com três ou mais objetos simultaneamente prova a necessidade dessa mudança.
O Jogador navega pelos módulos de treinamento, resolvendo quebra-cabeças dinâmicos, interagindo com plataformas, cubos, catapultas, transformadores de cubo e outros elementos. Conforme o jogo avança, sua mecânica evolui em diferentes direções, permitindo uma jogabilidade variada conforme os quebra-cabeças se tornam mais e mais complexos e elaborados. Eventualmente, o protagonista é acompanhado por um cão robótico, Newton, para ser usado quando o jogador precisa de um objeto móvel e carregável. Se alimentado com uma das cargas coloridas, ele influenciará os outros objetos carregados.
