A Jogabilidade de Mega Man Legends é diferente das outras séries do herói. É o primeiro jogo da franquia a ser desenvolvido num mundo totalmente 3D. Na época do lançamento de Mega Man Legends não existiam controles DualShock para PlayStation, sendo necessário controlar a personagem por meio dos botões L1 e R1 do controle para que efetuasse um giro para a direita ou esquerda, um aspecto frustrante para alguns jogadores.
