A Missão de Comando Mega Man X ocorre durante um ano não especificado no século 23 ("22XX DC"); cerca de 100 anos após os acontecimentos de outros jogos da Mega Man X série. Uma nova substância conhecida como "Force Metal" é extraída dos destroços de um pequeno meteorito. A tecnologia baseada no metal revoluciona o campo da Engenharia Reploid. Giga City, uma ilha artificial no meio do oceano, foi construída inteiramente para a mineração e fundição de Force Metal.
Tudo está bem até que um bando de Reploids se arma e lança um ataque à ilha. Seu líder, Epsilon, é considerado um " Maverick " pelo governo e um " Maverick Hunter"equipe é enviada pelo Coronel Redips para Giga City a fim de libertá-la das garras da" Rebelião "de Epsilon. Mega Man X , Zero e um Caçador chamado
Shadow viajam para as ruínas.No entanto,
Shadow trai a equipe e O quadro de Epsilon aparece e derruba Zero.
