Três semanas se passaram desde os eventos de Mega Man X5 . Zero está desaparecido, dado como morto. Como resultado do incidente da colônia espacial da Eurásia, a superfície da Terra tornou-se inabitável, forçando a população humana a se refugiar no subsolo. Um pesquisador Reploid inteligente, Gate, está procurando nas ruínas da Eurásia e encontra algo incomum. Uma semana depois, Gate enlouquece ao completar um experimento e declara suas intenções de transformar a Terra em uma utopia para Reploids de alta classe.
