Após os incidentes da Eurásia e do Pesadelo, os Reploids trabalham diligentemente para reconstruir a Terra. Cansado das aparentemente intermináveis Guerras Maverick, X decide se aposentar em busca de soluções mais pacíficas, deixando Zero no comando. Na ausência de X, a atividade Maverick começa a aumentar rapidamente, o que leva à formação de um grupo de vigilantes anti-Maverick não autorizado conhecido como Alerta Vermelho. Conforme o grupo fica cada vez mais imprudente, um de seus membros, um protótipo Reploid de nova geração chamado Axl, decide desertar. Red, o líder do grupo, fica furioso com o abandono de Axl por eles, e começa a correr para pegá-lo de volta.
