Como Musou Orochi Z é uma combinação dos dois primeiros jogos, a jogabilidade segue o padrão estabelecido pelo primeiro Orochi ; o jogador seleciona três personagens e os usa em um estágio. No entanto, alguns aspectos da jogabilidade foram alterados. Pela primeira vez, o segundo jogador pode escolher sua própria equipe separada de três personagens, ao contrário dos dois jogos anteriores, onde ambos os jogadores são forçados a usar os mesmos personagens.
O modo de sonho também foi alterado; 12 fases foram adicionadas, dando um total de 40 fases do modo Dream. Ao contrário de Warriors Orochi 2 , personagens fora dos períodos dos Três Reinos e Sengoku também estão incluídos.
