Este jogo baseia-se na busca de Clank por Ratchet. Tudo começa quando o Dr. Nefarious (que aparece pela segunda vez na série) rapta Clank de modo a obter informações que se encontram no seu subconsciente para entrar na Câmara Orvus do Grande Relógio. Mas Clank consegue fugir e fazer uma longa caminhada para encontrar Ratchet e descobrir o que é o Grande Relógio e quem é Orvus.
