Uma grande diferença entre o jogo e seu antecessor é a capacidade de jogar no nível do solo. Nos níveis externos do primeiro jogo, se o Homem-Aranha balançasse muito baixo abaixo dos telhados designados, ele cairia na névoa amarela que dominava a maioria dos níveis do jogo e morreria. Este jogo, no entanto, apresentou níveis baseados em ruas limitadas da cidade. Eles eram grades confinadas, em vez de um ambiente de livre circulação.
Os inimigos em Enter Electro são mais realistas do que os do jogo anterior, com os Lizardmen e alienígenas simbiontes sendo substituídos por criminosos, drones e robôs. Neste jogo, o Homem-Aranha tem a habilidade de atirar uma bola de teia
enquanto está no ar.
