Quando uma invasão mortal de simbiontes devasta as ruas da cidade de Nova York, apenas o Homem-Aranha pode assumir o controle e trazer a salvação para a cidade. Da direção do jogo ao destino do Homem-Aranha, o Spider-Man: Web of Shadows coloca o controle nas mãos do jogador.
Os jogadores decidem quando alternar entre o ágil Red Suit e o formidável Black Suit, se aliar com os heróis honrados da Marvel ou vilões ferozes, qual das habilidades do Homem-Aranha para atualizar e quais missões realizar para proteger Manhattan de certa aniquilação.
