O Jogo consiste em controlar um personagem em um ambiente 3D através de um ponto de vista em terceira pessoa. O jogador pode usar uma variedade de ferramentas e equipamentos ninja para despachar inimigos e completar as missões do jogo. As missões acontecem em locais diferentes em horários variados do dia, desde fazendas rurais, florestas de bambu, regiões montanhosas, praias, navios, vilas e cavernas. Depois que o jogador completa uma missão, ele recebe uma classificação dependendo de suas realizações durante a missão, como número de inimigos mortos, número de vezes que foram vistos, etc. As altas classificações são então usadas para desbloquear dispositivos especiais que podem ser usados no jogo.
Um dos recursos mais aclamados do jogo foi o Editor
layout de níveis, decidindo quais personagens colocar e os objetivos da missão para completar. Isso gerou um torneio na América do Norte para encontrar a melhor missão criada.
