Transformers: Fall of Cybertron é uma continuação direta
de Transformers: War for Cybertron. Formas de vida robóticas gigantes conhecidas como Transformers estão em guerra civil. Duas facções, os Autobots e os Decepticons, disputam o controle de seu mundo natal, Cybertron.Os eventos do jogo anterior deixaram o planeta incapaz de sustentar a vida, e os Autobots, desesperados para garantir a existência contínua da raça Transformer, procuram fugir do planeta.
Os Decepticons, ainda empenhados em dominação, não vão parar por nada para garantir que os Autobots se submetam aos Decepticons ou sejam eliminados. Queda de Cybertronretrata a batalha final entre as duas facções de robôs, que resulta na desolação de seu mundo natal, forçando os Autobots a buscar refúgio em nossa galáxia, a Via Láctea.
O desenvolvedor, High Moon Studios, esperava mostrar um tom mais sombrio do que o jogo original. Matt Miller, da Game Informer, afirmou que o jogo "muda e melhora tantas das ideias fundamentais que o desenvolvedor considera o jogo um sucessor natural em vez de uma verdadeira sequência"